要确定病患是否感染变种病株，整个过程耗时六天至八天。

目前通过鼻腔拭子进行聚合酶链反应检测（PCR），一天就能出结果，如果是阳性，实验室就会把样本送到国家传染病中心的国家公共卫生实验室（National Public Health Laboratory），展开全基因组排序，谱出3万个核苷酸（nucleotides）的排列。

这意味着，很多确诊病例通报给公众时，还无法确定他是否感染了变种病毒。实验室主任林择彬副教授通过电邮，详细解释了这背后是怎样的一门技术活。

他说，PCR能初步诊断病患病毒种类，但为了公共卫生调查，实验室仍须做排序工作，以确定病患之间是否有联系。这就有如研究人员不满足于知道病毒的姓氏，还想要知道他们的全名和身份证号码。

研究人员必须从病患鼻腔深处提取样本，如果样本质量不够好，研究人员得把核糖核酸（RNA）转换为脱氧核糖核酸（DNA），进行标记和多重聚合酶链反应测试，产生出更多互补DNA（complementary DNA），再使用全新一代测序（Next Generation Sequencing）的机器进行排序。结果出炉后，研究人员也会使用特别的生物信息软件对结果进行检查、集合和分析。

“在分析基因组序列数据时，我们要在软件的参数设置和结果的解读上做出专业判断，必须和全球冠病病毒数据库进行对比，数据库到目前已有150万个病毒基因组。我们也必须跟实地调查团队沟通，将基因组序列和病例配对，结合流行病的调查结果进行对比分析，以协助卫生部和相关部门及时调整防疫措施和政策，樟宜机场感染群的调查就是典型的成功案例。”

林择彬指出，变种病株虽已成为主流，但根据现有技术，要快速检测变种毒株还是不太准确。

“比如B16172是B1617的亚型，就如同人类的族谱一样，每个家族有不同小家庭和成员，在病毒系统发育（Phylogen）中的世系（lineages）和它们的亚型中，也有不同毒株。陈笃生医院和樟宜机场感染群的病毒同样是B16172亚型，但基因组测序显示这两个感染群的病毒是不同的。”

找出病毒株基因标记 搞清谁将病毒传给谁

虽然市面上的一些试剂盒能初步辨别包括B1617在内的主要毒株，但无法提供更详实的信息，因此有必要必须展开全基因组测序。　

他说：“许多国家只要知道国内有多少变种毒株病例，不要非常准确的结果。新加坡不同，我们要追查感染源，搞清谁将病毒传给了谁以及传播途径，因此我们必须进行精确检测，找出病毒株独特的基因标记，以决定在哪些环节采取适当的措施。接下来我们希望借助科技提供快速、充分且具有深度的数据和信息。”