新加坡自然学会海洋保育小组组长柯启耀说，任何填海工程都会对海洋生态环境造成影响，因此须在工程开始前就采取保育措施，尽量把伤害降到最低。
樟宜湾填海工程将导致小部分的红树林与附近海域内的珊瑚永久清除，为降低工程对海洋生态的影响，环境影响评估报告建议在展开工程前，把较罕见的珊瑚品种迁移至其他水域。
新加坡自然学会海洋保育小组组长柯启耀受访时说，樟宜东一带土地原本就是填海而成，当时的填海工程距今约20年，因此聚集在海岸线周围的海洋生物数量不多。
我国在1992年至2004年间展开樟宜东填海工程，为樟宜机场扩建做准备，总填海地带为3000公顷左右。
柯启耀说，任何填海工程都会对海洋生态环境造成影响，因此须在工程开始前就采取保育措施，尽量把伤害降到最低。
“在珊瑚保育方面，我们可以把一些罕见的品种迁移到南部岛屿一带，让它们继续生长，我们也可采集红树芽，种植在本地其他地点。海草则难以迁移，因此全都会流失。”
珊瑚一般必须附在硬质的海底或表面才能生长繁殖，填海工程可能包含建造倾斜的岩石海岸壁，这有助于珊瑚的生长。柯启耀说，这也是填海工程对海洋生态所带来的唯一正面影响。
沙滩发现濒危海龟筑巢 建议把海龟蛋迁移他处
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根据环评报告，国家公园局也在樟宜湾海岸线一带的沙滩发现有海龟筑巢。因玳瑁海龟（Hawksbill Turtle）属于极度濒危生物，本地适合海龟筑巢的沙滩也不多，报告建议监测这一海岸线的海龟筑巢处，并把海龟蛋迁移至其他地点，以降低工程所带来的影响。
南洋理工大学土木与环境工程学院院长楚剑教授指出，因樟宜东一带已属于填海地段，这意味着樟宜湾距离我国原本的海岸线较远，所以海水更深，填海工程充满挑战。
也是城市对策研究中心主任的楚剑说，樟宜湾海域最深处预计可达到25米左右，若采用传统填海方式，需要使用大量的材料。
“传统填海方式要运用到很多沙或淤泥，现在这两种材料的供应也没有那么多。若要在较深海域用传统方法造海墙则需要进行开挖和在海里放置大量的沙土，这对海洋生态的影响也比较大。”
他认为，当局或可采用预制沉箱（caisson）或其他技术为樟宜湾填海造海墙。使用预制沉箱来建造海墙不仅能缩短工程所需时间，对海洋生态的影响也没那么大。在填海工程的规划时，也应该考虑恢复海洋生态环境的措施。
在大士港口展开的填海工程也使用预制沉箱技术。
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